Если используете Alt, то лучше написать запрос на сборку необходимого в багзиллу.
Если всё же решились собирать сами, то учтите в ALT Школьный сервер Squid собран с большим количеством опций, и после пересборки может отвалиться СКФ(если используется).
И тут уже придётся изучать документацию Squid, так как без неё ничего не выйдет, в качестве основы можно взять опции с которыми собран оригинальный Squid и удалить ненужные, добавить свои.
Зато при самостоятельной сборке можно свободно определиться с необходимым функционалом и оптимизацией под конкретное железо, так как (ещё раз повторюсь) Squid собран с очень большим функционалом (более половины которого может быть не востребовано никогда).
Насчет версии для сборки, думаю правильнее взять исходники дистрибутивного пакета, так проблем должно быть поменьше.